휴즈 박사와 홀리가 아치 중사의 도움으로 지프를 타고 발굴 현장에서 빠져 나오는데, 또 다시 용가리가 나타난다. 놀란 휴즈 박사와 홀리는 용가리와 아주 가까이서 서로를 대면하게 된다.
이때, 긴급히 파견된 부라보 부대 헬기들이 나타나고 용가리와 혈전을 벌인다. 휴즈박사와 홀리는 짚차를 타고 현장에서 빠져 나온다.
정부 비밀기관 소속인 밀스는 군 작전 상황실을 방문하여 2년전부터 뛰어난 과학기술을 가진 외계 생명체의 출현을 알고 있었다는 증거자료를 제시한다. 아치 중사의 도움으로 휴즈박사와 홀리도 군사 작전 상황실에 합세하게 된다. 상황실에 있던 사람들은 휴즈 박사가 2년전 밀스씨에게 용가리 관련 정보를 제공했음을 알게 된다. 한편, 용가리를 막기 위해 붉은매 부대 소속인 F-16 편대가 출동하지만 모두 파괴되고 도시는 일대 혼란에 빠진다.
한편 휴즈 박사는 홀리와 함께 예언서를 해독하고 용가리가 외계 생명체에 의해 조종 받고 있으며 최종 목표가 핵폭발 이후 발생하는 방사능으로 인류를 멸망시키기 위해 지구를 공격한다는 엄청난 사실을 알게되고 머독 사령관에게 이 사실을 알린다.