머독 사령관은 차세대 특수부대 장비를 이용하기로 결정하고 파커가 특수부대 팀장으로 팀을 이끌고 용가리에게 대항한다. 휴즈 박사와 홀리는 용가리의 비밀을 알게되고 데이몬을 공격할 것을 지시한다. 하지만 용가리는 갑자기 사라진다. 외계 생명체가 에너지 광선으로 용가리를 추적한다는 사실을 알게 되고 적외선 탐지를 통하여 특수부대 대원들이 용가리의 위치를 파악하게 된다.
머독 사령관은 대통령으로부터 핵폭탄 사용 명령을 전달 받는다. 특수부대 대원들이 점점 죽게되고 오닐중위는 용가리의 데이몬을 향해 몸을 날려서 데이몬을 파괴한다. 용가리는 원래의 착한 본성을 찾고 F-16 미사일에 의해 쓰러지는 건물을 몸으로 막아 시민들을 구한다. 위기를 모면하자 머독 사령관은 핵폭탄 사용을 중지시킬 것을 대통령에게 연락하려 한다. 하지만 방해전파로 인해서 통신이 두절된다.
용가리가 본래의 착한 심성으로 돌아오자 용가리를 조종하는 외계 생명체는 용가리의 몸집에 두배 가량되는 사이커라는 새로운 괴물을 깨워 본래의 목적인 지구를 자신들의 땅으로 만들려고 한다. 사이커를 탄생시키기 위해서 지구를 향해 발사한 가공할 위력의 에너지파는 뉴욕 도시를 순식간에 화염에 휩싸이게 만든다.